КАК САМОЗАНЯТОМУ ВЫСТАВИТЬ СЧЕТ?

Да! Это прямо разрешено.
Ставка налога составит 6%.

До вступления в силу закона о самозанятых, компании и ИП могли сотрудничать с физическими лицами только по договорам ГПХ (не считая трудовые отношения).
В этом случае нагрузка составляет порядка 30% страховых взносов (ПФР, ОМС, ФСС) и 13% НДФЛ, плюсом кипа кадровой отчетности.
При сотрудничестве с Самозанятым – «гуляй рванина» …НО!
Отношения не должны быть «похожи» на трудовые; под действие закона не попадают услуги действующему работодателю или от которого уволились менее 2 лет назад.

Очевидные преимущества при грамотном оформлении взаимоотношений, а именно:
Подтверждение статуса
Проверка на сайте https://npd.nalog.ru/check-status/ или выписка из приложения Мой налог.
Договор
В соответствии со статьей 161 ГК РФ сделки между Самозанятыми и юридическими лицами должны оформляться договором. Кроме стандартных условий, Договор

должен предусматривать прямое указание на применение исполнителем специального налогового режима (Налог на профессиональный доход) и может включать обязанность письменно сообщить о снятии с учета и ответственности за нарушение данного условия.
Счет на оплату
Кроме прямой функции сообщения платежных реквизитов, несет косвенную - побуждение к совершению платежа в указанный период времени. Образец счета
Оплата
Оформление платежек и перечисление оплаты осуществляется в общем порядке на любой счет самозанятого.
Чек
По факту оплаты самозанятый обязан сформировать чек в приложении Мой налог и обеспечить его передачу заказчику. В чеке должны быть указаны услуги и ИНН юр лица.
Акт
Является дополнительным документом, т.к. в акте может указываться период и дата оказания услуг (влияет на отражение расходов в учете юр лица). Подробнее про Акт
Оригиналы
Заказчик, вероятно, попросит передать ему оригиналы документов (собственноручно или отправляем почтой).
Распечатывать Чек не требуется.

Самозанятый может самостоятельно разработать типовые документы или воспользоваться предлагаемыми шаблонами:

Какой налоговый режим применяет Исполнитель (в том числе «самозанятость») не влияет на порядок составления документа. Выставление Счета на оплату обуславливается обычаями делового оборота, обязанность составления Счета не прописана законодательством.
Согласовать, завизировать и произвести оплату по Счету удобно. Именно поэтому данный документ очень часто используется на практике.
Счет, как документ, фиксирует не саму хозяйственную сделку, а высказанное желание получить оплату по свершившемуся факту сделки, либо намерение заключить сделку в случае работы на условиях предоплаты.

В некоторых случаях Счет обязателен для формирования:
- при отсутствии договора Счет после его оплаты является документом, подтверждающим заключение сделки между сторонами;
- условиями договора прямо предусмотрено обязательное выставление Счета на оплату;
- в случае, когда конкретная стоимость и состав услуг (товаров, работ) не может быть определена в момент заключения договора.

Счет содержит указание на Исполнителя и Заказчика, перечень услуг (товаров/работ), их количество и стоимость. Документ также может содержать указание на основные условия сделки: срок оказания услуг (поставки товара, выполнения работ), период оплаты и прочие договоренности между сторонами.
В случае указания в Счете всех существенных условий сделки, Счет на оплату выступает в качестве Оферты (предложения), а оплата по Счету Заказчиком является акцептом (согласием с условиями).

Кроме очевидных реквизитов в Счете можно предусмотреть срок его действия. По истечении указанного срока Счет может считаться недействительным, а стоимость и состав услуг (товаров, работ) пересмотрены.
Счет может заверяться подписью Самозанятого лица, но законодательно такое требование не предусмотрено, следовательно каждый самостоятельно решает, как оформлять документ.
Порядок передачи Счета оговаривается между сторонами. Счет на оплату может быть передан лично, отправлен по почте в оригинале или направлен по электронной почте.
Если Счет на оплату выступает в качестве самостоятельного договора, то хранить его надо в течение сроков, установленных для хранения договоров. В иных случаях хранить Счета необязательно. Каждая сторона сделки самостоятельно определяет для себя процедуры хранения Счетов.